Glavne vrste: Sem spadajo bigvanidi, alkoholi, fenoli, organski amini, piridini, izotiazolinoni in drugi.
Značilnosti: Izkazujejo hitre baktericidne učinke; vendar imajo razmeroma slabo toplotno stabilnost in vzdržljivost ter lahko povzročijo določene neželene stranske učinke. Z lahkoto se vežejo na anionska mesta na površini celičnih membran bakterij in plesni ali reagirajo s sulfhidrilnimi skupinami, s čimer motijo sintezo beljakovin in sistem celične membrane, kar učinkovito zavira razmnoževanje bakterij in plesni. Kljub temu so nagnjeni k razgradnji pod izpostavljenostjo ultravijolični svetlobi, kar ima za posledico kratko življenjsko dobo; poleg tega lahko nekatera organska protimikrobna sredstva povzročijo toksične stranske učinke.
Uporaba: Trenutno najbolj razširjena organska površinsko-aktivna protimikrobna sredstva so kationske spojine,-ki vsebujejo dušik-kot so kvarterne amonijeve soli-ki se v veliki meri uporabljajo v protimikrobnih premazih.
